L’Apei d’Arbois et sa région est une association loi 1901, créée le 20 juin 1975, à but non lucratif à laquelle adhèrent parents et amis bénévoles.

Les Apei du Jura (et de France) sont fédérées au sein d’une Union départementale (Udapei), d’une Union Régionale (Urapei) et d’une Union Nationale (Unapei).

L’association considère la personne handicapée mentale dans sa dignité et avec ses potentiels, chaque personne est reconnue comme un individu unique. L’Apei privilégie la solidarité, la coopération, l’esprit d’entraide entre la personne handicapée, son entourage familial, les professionnels des établissements, les autres associations et l’environnement social.

Depuis janvier 2016, l'association Juralliance gère les sept établissements et un SAVS, historiquement créés par l'Apei Arbois.